Walaupun belum memiliki Asrama sendiri dikarenakan beberapa kendala, SMA MUH1BA tetap memberi solusi dengan terintegrasi atau bekerjasama dengan Pondok Pesantren Muhammadiyah Babat, baik PONPES Putri maupun PONPES Putra.
Sehingga bagi para Peserta Didik dari luar kota atau wali murid yang merasa khawatir dengan anaknya yang in the kost bisa menitipkan dengan tenang buah hatinya di PONPES Muhammadiyah Babat. tidak hanya terjamin pengawasannya, melainkan juga mendapatkan pendidikan agama secara full, seperti tafsir, tahfidz, fiqh, muhadhoroh dll. Dan tidak sedikit Peserta Didik SMA MUH1BA yang tinggal di PONPES Muhammadiyah Babat, itu membuat mereka nyaman dan kerasan, saat berangkat ke sekolah juga bisa bersama-sama. Jarak antara PONPES dengan Sekolah pun tidak jauh, sehingga memudahkan para Peserta Didik yang mondok di PONPES Muhammadiyah Babat.